UNO R4の公式には載っていない、個人的チートを書き連ねます。
内蔵プルアップは素直にpinMode使え
ATMEGA328Pを使ったUNO R3だと、ピンをINPUTとしたときに後からdigitalWrite(ピン番号,HIGH);とすると、内蔵プルアップを有効にできました。これは、ATMEGA328Pの独特の機能だったようです。
UNO R4では使えないので、素直にpinMode(ピン番号, INPUT_PULLUP);を使いましょう。
UNO R4のArduinoライブラリはFSPベース
ルネサスが開発をしているマイコン用のドライバ・ライブラリ・ミドルウェアパッケージであるFSPをベースにしてます。なので、ATMEGA328Pではレジスタ直叩きでしたが、ややこしいマイコン機能を使いたい場合には、FSPを弄るアプローチになる模様です。
Arduino標準ではタイマ割り込みができませんが、内部のFspTimerというクラスを使うと実現できます。実装例としては、AGTimer R4が参考になります。